Die Geschichte der Protestanten in Lyon ist verzweigt und verknüpft mit dem Fortschritt der Stadt selbst. Im 16. Epoche erlebte Lyon eine Periode des Calvinismus, wobei etliche Händler und gebildete Persönlichkeiten sich dem neuen Bekenntnis zuwandten. Diese erste Präsenz führte zu einer lebendigen reformierten Gemeinschaft, die jedoch auch gr